夫妻户口不在一起的是可以建档的，夫妻双方因为生育问题需要建档的，可以凭借双方的身份证到双方现居住的相关医院进行建档。根据我国对于户口建档的相关法律规定可以知道，婴儿出生后一个月以内，由户主、亲属、抚养人或者邻居向婴儿常住地户口登记机关申报出生登记。弃婴，由收养人或者育婴机关向户口登记机关申报出生登记。

法律依据

《中华人民共和国户口登记条例》第七条 婴儿出生后一个月以内，由户主、亲属、抚养人或者邻居向婴儿常住地户口登记机关申报出生登记。弃婴，由收养人或者育婴机关向户口登记机关申报出生登记。